Не думаю что в шве дело. Иногда у меня тоже, даже старые штаны, которые раньше не натирали, натирают под коленкой в кровь. Особенно те, что с напылением. У нас некоторые (Андрэ, например, а он плавает 4-5 дней в неделю, даже зимой) мажут под коленкой густым кремом или густой мазью, типа цинковой. И потом костюм сверху.
Кстати, писание "в костюм" добавляет шансов натереть под коленкой, ИМХО.